南瓜子仁含丰富的蛋白质、脂肪、碳水化合物、膳食纤维，世界卫生组织 (WHO) 宣布南瓜子是获取锌和镁的最佳食物之一。锌能帮助免疫系统发挥正常功能，在生长发育、伤口愈合、碳水代谢和胰岛素调节中发挥作用。镁能维持神经和肌肉功能、强健骨骼、提高免疫力、控制血糖水平、提高睡眠质量。
抗氧化剂主要健康益处是降低疾病和炎症的风险。南瓜子含有抗氧化剂，包括酚类和类黄酮，酚类能有抗炎、抗菌和抗癌作用，可以防止衰老和疾病。类黄酮能预防癌症、动脉硬化和阿尔茨海默病。经过烘烤的南瓜子含有更多的酚类物质和类黄酮物质。
南瓜子提供的脂肪主要是单不饱和脂肪和多不饱和脂肪。这两种类型的脂肪可以降低血液中的坏胆固醇低密度脂蛋白水平，从而降低患心脏病和中风的风险。食用南瓜籽后一氧化氮水平会升高，这有助于扩张血管促进血液流动。
南瓜子含有植物雌激素，能降低患乳腺癌的风险，降低血压和改善血液循环，控制膀胱过度活动减少尿频症状，改善更年期女性健康。
